Około 880 r. na miejscu wcześniejszej osady, na prawym brzegu Parsęty, tam gdzie dziś jest Budzistowo, powstał gród kołobrzeski – znaczący ośrodek rzemieślniczo – handlowy o cechach wczesnego miasta w tym regionie. Na podstawie przedmiotów tu znalezionych w czasie wykopalisk archeologicznych (waga, przedmioty pochodzenia skandynawskiego, ości ryb morskich) sądzić można, że co najmniej dwie funkcje pełnił już wówczas port: handlową i rybacką.

Sto lat później, Pomorze pomiędzy ujściem Odry i ujściem Wisły włączył do swego państwa Mieszko I. Kołobrzeg, położony w środku tego terenu, stał się głównym portem państwa pierwszych Piastów, ważnym szczególnie do kontaktów ze Skandynawią, które były bardzo żywe. Najprawdopodobniej z portu kołobrzeskiego wypłynęła córka Mieszka I Świętosława do swojego małżonka Eryka Zwycięskiego. Potwierdzeniem ważności Kołobrzegu w tamtych czasach jest ustanowienie tu przez Bolesława Chrobrego w roku 1000 stolicy biskupiej dla całego Pomorza.
Na początku XII w. Bolesław Krzywousty dokonał powtórnej ekspansji państwa polskiego na Pomorze. Z jego woli biskup Bambergu Otton powtórnie (tym razem trwale) chrystianizuje tę krainę. Ówczesne źródła informują nas o gospodarczym znaczeniu portu. Najpierw Gall Anonim w opisie wyprawy Bolesława Krzywoustego na Kołobrzeg zamieścił pierwszą w naszej literaturze piosenkę o morzu i rybach. Zapewne chodzi tu o śledzie, gdyż te ryby na wybrzeżu pomorskim wówczas były najpopularniejsze i najbardziej cenione, co potwierdzają inne źródła pisane z epoki oraz materiały archeologiczne. Np. w Kołobrzegu 94,4 % ości rybich znalezionych przez archeologów to ości śledzi.

Kronikarz Herbord tak pisał o przybyciu biskupa Ottona do Kołobrzegu: „Dotarliśmy do Kołobrzegu (…). Ponieważ jednak niemal wszyscy jego obywatele obyczajem kupców wypłynęli w sprawach handlowych do dalekich wysp, ci, których zastaliśmy w domu oświadczyli, że nie podejmą żadnych nowych decyzji w nieobecności współziomków.”

Miał też we wczesnym średniowieczu port kołobrzeski swój epizod wojenny. Stąd między innymi wypłynęły okręty na odwetową wyprawę przeciw bazie Wikingów – Konungaheli (Kungölf). Wyprawą dowodził książę pomorski Racibor I – lennik Bolesława Krzywoustego. Flota Racibora liczyła 650 okrętów, na pokładzie każdego było 44 wojowników i dwa konie. 9 sierpnia 1136 r. Konungahela została zdobyta i zniszczona, już nigdy nie powróciła do dawnej świetności. Z wyprawy przywieziono dużą ilość jeńców i bogate łupy.

Wczesnośredniowieczny port kołobrzeski znajdował się na terenie północnego podgrodzia w zatoczce rzeki Parsęty, około 4 km od ujścia rzeki do Bałtyku. Po lokacji nowego miasta na prawie lubeckim (23 V 1255) na terenie, gdzie dziś jest centrum miasta, port przejściowo także tu się znajdował, ale wkrótce przeniesiono go w ujście rzeki, gdzie jest do dziś.

W tym czasie zaistniał tzw. problem śledziowy. Ławice tych ryb przeniosły się z wybrzeży pomorskich na wybrzeża Skanii należące do Danii. Zainteresowane połowami śledzi miasta rozwiązały tę sprawę wspólnymi siłami w ramach Hanzy (Kołobrzeg był jej członkiem od początku XIV w.). Hanzeaci pokonali króla duńskiego Waldemara IV. W zwycięstwie znaczący udział miał też Kołobrzeg. Pokój zawarto 24 maja 1370 r. Przedstawiciele 35 zjednoczonych miast ( w tym także przedstawiciel Kołobrzegu) postawili warunki, które Waldemar musiał przyjąć. Kołobrzeg, podobnie jak inne wielkie miasta hanzeatyckie, otrzymał działkę na półwyspie Skanör i Falsterbo, gdzie urządził eksterytorialną faktorię handlową i bazę rybacką (tzw. Fitte). Na terenie tej bazy pełnię władzy sprawował ustanowiony przez władze Kołobrzegu wójt. Dzięki Hanzie Kołobrzeg otrzymał też szereg przywilejów w różnych portach.

Późne średniowiecze, aż do wieku XVI, to okres największej potęgi morskiej Kołobrzegu. Zasłużony badacz dziejów gospodarczych prof. Henryk Lesiński tak te czasy podsumował: „Są to lata największego rozkwitu handlu i żeglugi morskiej miasta, które swą aktywnością morską i udziałem w żegludze między strefą Bałtyku a Europą Zachodnią przewyższało nawet przez dłuższy czas Szczecin.”

W czasie wojny 30-letniej Kołobrzeg został poważnie zniszczony i wyludniony. W latach 1631 – 1653 był szwedzką bazą wojskową i twierdzą. Port pełnił rolę łącznika załogi twierdzy z metropolią.
Po wojnie, w wyniku rozbioru Pomorza, Kołobrzeg znalazł się w granicach Brandenburgii. Przez ponad 200 lat był twierdzą brandenburską, później pruską. Zanikło zupełnie rybołówstwo morskie. Działalność handlowa portu w ograniczonym zakresie była prowadzona. Nabrzeża handlowe były własnością miasta, a ich gospodarzem była gildia kupców i żeglarzy o średniowiecznych tradycjach. W drugiej połowie XVII w. był tu ważny brandenburski port wojenny. W miejscowej stoczni zbudowano pierwsze brandenburskie okręty wojenne. Później, w XVIII w., w czasie oblężeń twierdzy, o port toczyły się ciężkie walki. W związku z tym Fryderyk Wielki kazał port ufortyfikować. W latach 1770 – 1774 zbudowano fort Ujście (obecnie dolna część latarni morskiej) i redutę Morast (obecnie port jachtowy).

Po opanowaniu tych terenów przez wojska napoleońskie i wprowadzeniu tzw. blokady kontynentalnej na angielskie towary kolonialne i przemysłowe, port uaktywnił się. Tu było centrum przemytu angielskich towarów. Dwaj kołobrzescy kupcy E. F. Schröder i C. F. Plüddemann w ciągu kilku lat dorobili się fortuny na tym procederze.

W latach 1832 – 1836, w czasie ostatniej modernizacji twierdzy, zbudowano dalsze fortyfikacje w rejonie portu.

W roku 1837 cały port został przejęty przez państwo pruskie (uroczyste przekazanie odbyło się 2 sierpnia). Odtąd tor wodny był regularnie bagrowany i rozpoczęły się inwestycje. Zbudowano nabrzeża, falochrony wejścia do portu (1853-1885) i kolejno urządzenia nawigacyjne: maszt z lampą Fresnela (1866), pierwszą i drugą latarnię morską (1899 i 1909) oraz na prawym falochronie wejścia do portu tzw. winkbake (1896), służącą do wprowadzania obcego statku w przypadku, gdy tego nie może zrobić pilot.

Likwidacja twierdzy w roku 1872 i przyjęcie przez miasto statusu uzdrowiska spowodowała rozwój żeglugi pasażerskiej. W sezonie letnim statki pasażerskie odbywały regularne rejsy z Kołobrzegu do Kopenhagi, Röne i ważniejszych portów pomorskich.

W roku 1882 nastąpiło odrodzenie rybołówstwa morskiego. W Danii i Szwecji zakupiono kilka kutrów żaglowych 8- i 10- metrowych, na których rybacy dokonywali połowów na pełnym morzu. Około 1900 r. pojawiły się pierwsze kutry motorowe 17-metrowe.

Dla potrzeb rozwijającego się rybołówstwa morskiego w roku 1894 na koszt państwa zbudowano basen rybacki z lewej strony wejścia do portu (obecnie basen Mar. Woj.). Firma Hermana Borowskiego zaczęła seryjną produkcję silników typu „Swiderski” do kutrów rybackich. W pewnym okresie firma ta produkowała także całe kutry. Na takim kutrze z tabliczką znamionową „Hermann Borowski Kolberg” 11 lutego 1920 r. gen. Józef Haller w Wielkiej Wsi (Władysławowo) wypłynął na pełne morze po raz pierwszy pod polską banderą po odzyskaniu niepodległości.
Największą inwestycją w porcie kołobrzeskim w okresie międzywojennym było zbudowanie w południowej części portu (1929) nowego basenu rybackiego (późniejszy basen „Barki”).

W czasie II wojny światowej do garnizonu kołobrzeskiego przybyła Kriegsmarine. Tu powstała szkoła torpedystów morskich (Torpedoschule III). W zespole baraków na terenie obecnego stadionu i hali „Milenium” zawsze przebywało ok. tysiąca marynarzy związanych z tą szkołą.

W czasie walk o miasto w marcu 1945 r. dla niemieckiej załogi Kołobrzegu port pełnił rolę drogi dowozu i ewakuacji. Tą drogą ewakuowano też kilkadziesiąt tysięcy cywilów, którzy na rozkaz władz hitlerowskich musieli opuścić swoje rodzinne strony.

Po zdobyciu miasta przez Wojsko Polskie 18 marca 1945 r. w porcie, na tarasie i stoku fortu Ujście, odbyła się główna uroczystość zaślubin z morzem I i II Armii WP.

Aktywizacja portu po wojnie, już w polskim, ale bardzo zniszczonym Kołobrzegu, przebiegała w niezwykle trudnych warunkach. Od czerwca 1945 r. rozpoczął pracę pierwszy polski kapitan portu Stanisław Mieszkowski, trochę później inż. Andrzej Niegolewski – przedstawiciel Morskiego Instytutu Rybackiego. Władze polskie dążyły do szybkiego uruchomienia rybołówstwa, żeby zaspokoić zapotrzebowanie na żywność. Rozpoczęto wydobywanie zatopionego sprzętu rybackiego. Na tym tle powstały konflikty z radzieckim komendantem, który uważał, że to jest radziecka zdobycz wojenna. Burmistrz Stanisław Brożek musiał interweniować u władz wyższego szczebla w tej sprawie. To tylko jeden z przykładów ilustrujących warunki, w jakich przyszło tu działać polskim przedstawicielom władzy. Pierwszą powojenną inwestycją morską była latarnia morska (przekazana do użytku 11 XI 1945), która w pierwotnym kształcie pełniła również funkcję pomnika tzw. wielkiej wojny ojczyźnianej ZSSR 1941-1945.

W końcu 1946 r. zarejestrowanych było w Kołobrzegu już 48 czynnych rybaków, 2 kutry, 6 łodzi motorowych i 11 łodzi wiosłowych.
Opracowano śmiałe plany odbudowy Kołobrzegu jako wielkiego uzdrowiska, wielkiej bazy rybackiej i małego portu handlowego. Patronował tym pracom Eugeniusz Felicjan Kwiatkowski Pełnomocnik Rządu RP do Spraw Odbudowy Wybrzeża i powołany przez niego Związek Gospodarczy Miast Morskich. Niestety, nie zostały one zrealizowane. Na skutek prześladowań przedwojennej inteligencji, jako „klasowo obcego elementu”, odsunięci zostali twórcy koncepcji odbudowy miasta. Później, w ramach przygotowań do nowej wojny, nastąpiła militaryzacja Kołobrzegu. Wzdłuż wybrzeża zbudowano fortyfikacje składające się z ciągu schronów bojowych, stanowisk ogniowych do broni maszynowej i wież obserwacyjnych. Z lewej strony ujścia Parsęty zlokalizowano artylerię nadbrzeżną. Żeby tu mieszkać trzeba było uzyskać specjalne zezwolenie. Nastąpiło kilka lat stagnacji gospodarczej miasta.

Częściową realizacją planów ministra Kwiatkowskiego w zakresie gospodarki morskiej w Kołobrzegu było otwarcie portu handlowego 18 marca 1948 r. (zamknięty w 1952 r.) i powstanie PPiUR „Barka” w 1949 r.

Dopiero w końcu lat 50-tych zapadły na najwyższym szczeblu państwowym korzystne dla Kołobrzegu decyzje. 12 listopada 1957 r. ukazała się Uchwała KERM o odbudowie miasta Kołobrzegu. Ruszyła planowa odbudowa miasta jako wielkiego uzdrowiska, centrum turystycznego i wielofunkcyjnego portu.

22 maja 1960 r., po 8-letniej przerwie kołobrzeski port wznowił działalność handlową.